En la capilla mayor y en las laterales se conservan evidencias de la existencia de canceles que separaban el espacio litúrgico destinado al clero y el ocupado por los fieles, jerarquización de espacios propia de la liturgia hispana.

Llama la atención la existencia de inscripciones imprecatorias contra quien actuara contra esta iglesia, un total de tres: una sobre la puerta de ingreso al templo y otras dos sobre las puertas de las habitaciones laterales norte y sur.

En fecha posterior se agrega el pórtico real, cerrado y abovedado, adosado a la fachada del mediodía. El pórtico se comunica con el interior del templo a través de una puerta situada en la nave lateral y funcionó como un acceso privilegiado para el monarca.

Todo el repertorio decorativo de Valdediós es espléndido e integra diferentes corrientes artísticas tanto formal como estilísticamente.

Este cruce de influencias se manifiesta en la decoración escultórica de los capiteles del arco del ábside central -sobre fustes reutilizados-, con motivos sogueados y hojas de palma nervadas, de tradición asturiana; los capiteles de tradición clásica de las capillas laterales, y el resto de capiteles del pórtico, vinculados a un taller escultórico andalusí, como los merlones de la línea de cumbre del tejado.

Las ventanas bíforas de la parte alta de la nave central y la ventana trifora de la capilla mayor permiten la iluminación al interior del templo. Están compuestas con arquillos de herradura y enmarcadas por un alfiz de tradición mozárabe, y molduras sogueadas de tradición bizantina, al igual que las ventanas de la habitación sur y la cámara suprabsidial sobre la capilla mayor. Esta cámara, con acceso únicamente desde el exterior, es característica de la arquitectura prerrománica y su función sería estructural, estética o destinada a usos imprecisos.

Destacan la representación sobre la puerta de acceso de la Cruz con el Alfa y el  Omega apocalípticas como símbolo protector, y la decoración de la celosía occidental del pórtico a partir de motivos de rejería, roleos y cogollos de inspiración cordobesa.

La hermosa celosía de la pared meridional del pórtico de San Salvador es una réplica puesto que la original ingresó en el Museo Arqueológico de Asturias en los años 1953-1955, durante las obras de restauración de Luis Menéndez-Pidal y Álvarez, tras haber sido objeto de un intento fallido de robo.

Estas representaciones vegetales esquematizadas aluden, plásticamente, al verdadero Árbol de la Vida que es Cristo, situado en el centro de la Jerusalén celeste, según el Apocalipsis de San Juan.

La decoración pictórica se conserva en la capilla mayor y capilla norte, en las paredes y bóvedas de las naves laterales y en la tribuna. Los temas ornamentales son los característicos del arte asturiano: motivos geométricos –círculos, cuadrados y óvalos–, vegetales –hojas de palmetas entremezcladas con cintas, cadenetas y cuadriláteros– y la triple Cruz con el Alfa y el Omega. La figuración humana está poco representada y los escasos vestigios conservados -calzado e indumentaria de un personaje-, permiten deducir la influencia de las miniaturas mozárabes.

En la pared septentrional de la capilla central y superpuesto a la decoración del siglo IX, se representa un ángel cuya autoría se atribuye a Francisco de Reiter, a mediados del siglo XVIII.

La iglesia experimentó importantes reformas y reconstrucciones de las que se tiene constancia desde el siglo XVIII cuando se repintan los paramentos interiores. En la siguiente centuria se suprime el pasadizo de mampostería que unía el Conventín con el monasterio de Santa María y también se elimina el pórtico añadido a la portada del templo. En 1954 Luis Menéndez-Pidal y Álvarez acomete trabajos de restauración, reconstruyéndose en 1970 la habitación del lado norte de la iglesia y en 1980 se restaura la cubierta. En el año 2010 se realizan diferentes trabajos de restauración en la fábrica y los revestimientos murales.

LÁPIDA DE CONSAGRACIÓN DE LA IGLESIA, AÑO 893

“Tu generosa piedad, Cristo Dios, resplandece en todas partes y tu generosa piedad salva muchas veces a los malvados. Esto afirman los hombres, las gentes aplauden por doquiera que des vida a lo apagado, esto afirman los hombres. Ponte a favor del pobre, perdona al bueno, haciendo caso omiso a sus méritos; con la clemencia que es tu fuerte, ponte a favor del pobre, es cierto que en mi interior entran en lucha las miserables flaquezas de mi mente, me hiere ciertamente mi punzante culpabilidad. Resplandezca ahora clemente tu gracia fructífera, que levante al decaído, y que ella resplandezca ya. Asístame tu piedad alentadora, que nos asista la piedad, dándonos a todos la salvación bajo tu manto celestial. Fue consagrado este templo por siete obispos: Rudesindo Dumiense, Naustis Conibrigense, Sisnando Iriense, Arnulfo Asturicense, Argimiro Lamecense, Recaredo Lucense, Elécanes Cesaragustanenese. En la era DCCCCXXXI, el día decimosexto de las Klds. de octubre” [16 de septiembre del 893 d. de C.], (traducción: César García de Castro).

En San Salvador de Valdedios se celebra culto esporádicamente.