In der Hauptapsis und in den Seitenapsiden sind noch Überreste einer Chorschranke vorhanden. Sie diente der Abtrennung des dem Klerus vorbehaltenen Altarraums von den Gläubigen – eine hierarchische Aufteilung, die für die mozarabische Liturgie charakteristisch ist.

Es sind drei Inschriften vorhanden, die jeden, der gegen diese Kirche vorgehen wollte, verwünschten: eine am Eingangstor der Kirche und zwei weitere an den Toren der nördlichen und südlichen Seitenräume.

Zu einem späteren Zeitpunkt wurde der geschlossene und gewölbte königliche Portikus an die Südfassade angebaut. Vom Portikus führt eine Tür ins Seitenschiff der Kirche, die dem Monarchen vorbehalten war.

Das gesamte gestalterische Repertoire von San Salvador de Valdediós ist überaus prächtig und beinhaltet in formeller und stilistischer Hinsicht verschiedene künstlerische Strömungen.

Diese verschiedenen, sich überschneidenden Einflüsse zeigen sich in der plastischen Gestaltung der Kapitelle des zentralen Apsisbogens, der auf wiederverwendeten Schäften ruht. Der asturischen Tradition verhaftet beinhaltet sie Taubänder und gerippte Palmenblätter. Die Kapitelle in den Seitenapsiden sind klassisch gestaltet und die übrigen Kapitelle des Portikus gehen ebenso wie die Zinnen auf der Dachspitze wohl auf eine andalusische Bildhauerwerkstatt zurück.

Die Zwillingsfenster im oberen Teil des Mittelschiffs und das Drillingsfenster sorgen für den Lichteinfall in das Kircheninnere. Sie bestehen aus hufeisenförmigen Bögen und mit einem mozarabischen Alfizrahmen und byzantinischen Taubändern, ebenso wie die Fenster des Südraums und der Kammer über der Hauptapsis. Diese nur von außen zugänglicher Kammer ist charakteristisch für die vorromanische Architektur. Sie könnte eine strukturelle oder ästhetische Funktion haben, ihre eigentliche Nutzung ist aber nicht geklärt.

Besonders erwähnenswert ist die Darstellung des Kreuzes über der Eingangstür mit dem auf die Apokalypse zurückgehenden Alpha und Omega als Schutzsymbol sowie die Verzierung der westlichen Transenne des Portikus mit Motiven aus Gitterwerk, Voluten und Knospen, die auf die andalusische Kunst in Córdoba zurückgehen.

Die schöne Transenne an der Südwand des Portikus von San Salvador ist eine Nachbildung, da das Original im Zuge der von 1953 bis 1955 dauernden Restaurierungsarbeiten von Luis Menéndez-Pidal y Álvarez in das Archäologische Museum von Asturien verbracht wurde. Zuvor hatten sich Diebe an der Transenne zu schaffen gemacht.

Die schematischen Pflanzendarstellungen spielen auf den wahren Baum des Lebens an, der nach der Offenbarung des Heiligen Johannes im Zentrum des himmlischen Jerusalem steht und auf Christus verweist.

Die malerische Gestaltung ist in der Haupt- und in der Nordapsis, an den Wänden und Gewölben der Seitenschiffe sowie an der Tribune im Original erhalten. Die Ornamente sind für die asturische Kunst charakteristisch: geometrische Motive (Kreise, Quadrate und Ovale), pflanzliche Motive (mit Bändern, Ketten und Vierecken durchsetzte Palmetten) und das dreifache Kreuz mit dem Alpha und dem Omega. Menschen werden kaum dargestellt, und die wenigen erhaltenen Überreste, Schuhwerk und Kleidung einer Figur, lassen auf den Einfluss mozarabischer Miniaturenmalerei schließen.

An der Nordwand der Hauptapsis, über der Dekoration aus dem 9. Jahrhundert, wird ein Engel dargestellt, der Mitte des 18. Jahrhunderts wohl von Francisco Reiter geschaffen wurde.

Die Kirche wurde ab dem 18. Jahrhundert umfassend renoviert und rekonstruiert. Hierbei wurden auch die Innenwände neu gestrichen. Im folgenden Jahrhundert wurde der gemauerte Durchgang, der das ‚kleine Kloster’ mit dem Kloster Santa María verband, genauso wie der an das Kirchenportal angebaute Portikus beseitigt. Im Jahr 1954 führte Luis Menéndez-Pidal y Álvarez Restaurierungsarbeiten durch, 1970 wurde der Raum an der Nordseite der Kirche wiedererrichtet, 1980 das Dach restauriert. Im Jahr 2010 wurden verschiedene Restaurierungsarbeiten am Gebäude und an den Wandverkleidungen durchgeführt.

INSCHRIFT AUF DEM WEIHSTEIN DER KIRCHE AUS DEM JAHR 893

„Deine große Barmherzigkeit, Christus und Gott, leuchtet überall, und sie rettet oft die Bösen. Das sagen die Menschen, die Menge jubelt dir zu, wo immer du dem Ausgelöschten Leben einhauchst, das sagen die Menschen. Stelle dich auf die Seite der Armen, vergib den Guten ohne Rücksicht auf ihre Verdienste mit der Barmherzigkeit, die deine Stärke ist, stelle dich auf Seite der Armen, es ist wahr, dass in mir mein Geist schrecklich gequält wird, ich bin gewiss verwundet durch meine fürchterliche Schuld. Lasse deine fruchtbare Gnade jetzt gnädigst leuchten, damit sie die Ohnmächtigen aufrichtet, und lasse sie jetzt leuchten. Möge deine ermutigende Barmherzigkeit mir beistehen, möge die Barmherzigkeit uns beistehen und uns allen das Heil unter deinem himmlischen Schutz bringen. Diese Kirche wurde von sieben Bischöfen geweiht: Rudesindo Dumiense, Naustis Conibrigense, Sisnando Iriense, Arnulfo Asturicense, Argimiro Lamecense, Recaredo Lucense, Elécanes Cesaragustanenese. In der Ära DCCCCXXXI, am sechzehnten Tag der Kalenden des Oktobers“ [16. September 893 nach Christus], (Übersetzung ins Spanische: César García de Castro, Übersetzung aus dem Spanischen: Zesauro Traducciones).

In San Salvador de Valdedios werden sporadisch Messen gefeiert.